A Coordenação de Informação e Documentação (CID) originou-se de uma biblioteca especializada em História Natural, Geografia, Etnologia e Arqueologia, já idealizada por Domingos Soares Ferreira Penna e concretizada em 1894 por Emílio Goeldi. Atualmente, objetiva gerenciar, preservar e disseminar informações e documentos sobre as áreas de atuação do MPEG e sobre a Amazônia. Inclui em sua estrutura a Biblioteca Domingos Soares Ferreira Penna (BIB) e o Arquivo Guilherme de La Penha (ARQ). 

O acervo da Biblioteca Domingos Soares Ferreira Penna é especializado em Antropologia, Arqueologia, Botânica, Ciências da Terra, Ecologia, Lingüística, Zoologia e em assuntos amazônicos, reunindo documentos adquiridos ao longo dos anos, através de compra, doação e permuta. Seu acervo é formado por livros, periódicos, folhetos, separatas, mapas, CD’s, fotografias, filmes, fitas e microfilmes. A Coleção Especial, com edições desde o século XVI, apresenta um valioso acervo de livros raros, antigos e valiosos de grande importância para a Amazônia. 

O Arquivo Guilherme de La Penha é constituído pelo conjunto de documentos pertencentes ao Fundo MPEG, que abriga toda documentação corrente, intermediária e permanente produzida pela instituição no decorrer de suas atividades e funções ao longo de sua trajetória, e também aos fundos de origem privada, que contêm os documentos doados ou custodiados por pessoas, famílias e instituições que se dedicaram aos diversos campos do conhecimento científico na Amazônia ou de interesse institucional. Na Coleção Fotográfica estão reunidos cerca de 20.000 documentos fotográficos, onde destacam-se cerca de 1.500 negativos em vidro com imagens do MPEG e de Belém antiga, constituindo-se um dos mais importantes acervos fotográficos da região.