As Ciências Humanas no Museu Goeldi são representadas por estudos arqueológicos, antropológicos e lingüísticos, que visam a ampliação dos conhecimentos sobre populações contemporâneas e pré-históricas da Amazônia.

A existência de coleções etnográficas e arqueológicas converte a instituição num centro de referência sobre a vida material de diferentes sociedades, revelando assim a riqueza da experiência humana na Amazônia, tanto no passado quanto no presente.

A coleção arqueológica reúne mais de 81.000 peças e fragmentos de cerâmica, artefatos líticos e outras evidências coletadas em vários sítios arqueológicos da região. O acervo etnográfico, com cerca de 14.000 peças, é heterogêneo se consideradas a sua origem geográfica (Brasil, África, Peru e Suriname) e constituição material, que abrange todas as categorias artesanais.

As maiores coleções são originárias das culturas indígenas e representam, na sua maioria, o resultado das pesquisas de campo de antropólogos do Museu ou que pela instituição passaram.

A área de lingüística dedica-se a descrever e analisar línguas indígenas. A alfabetização e a produção de material didático também são executados como forma de reverter o processo de extinção de algumas delas.