Em 1895, Jacques Huber iniciou a implantação do Herbário do Departamento de Botânica, especializado em coleções de plantas amazônicas. Em 1899, Adolpho Ducke, inicia um programa de excursões científicas na região, que expandiram-se através do Arquipélago do Marajó, Guiana Brasileira (hoje Amapá), Zona Bragantina (PA) e arredores de Belém, resultando notáveis descobertas sobre os diversos tipos de vegetação e de muitas espécies novas, aumentando consideravelmente o acervo.

Em 1976, com a implantação do Projeto Flora, sob a coordenação de João Murça Pires e Paulo Cavalcante, o herbário do Museu Goeldi teve um aumento substancial de espécimes e melhoria da sua infraestrurtura .

Atualmente, as Coleções do Departamento de Botânica estão organizadas no Herbário João Murça Pires, Xiloteca, Palinoteca e Histoteca, especializadas em material botânico da Amazônia.

Herbário	149.500
Xiloteca	7.250
Palinoteca	6.500
Histoteca	1.430