Na década de 1869, Karl Friedrich Katzer, contribuiu significativamente para o conhecimento da geologia regional e iniciou o acervo de Ciências da Terra, de significativa importância por conter exemplares representativos de Minerais/Rochas e Paleontologia da região amazônica e pelo registro vivo da história do Museu Goeldi.

A coleção de Paleontologia está organizada em três acervos: Paleovertebrados, Paleoinvertebrados e Paleobotânica; cuja finalidade é a documentação e preservação do conteúdo fossilífero recuperado principalmente a partir de estratos sedimentares amazônicos.

Mais recentemente, foi criado o acervo Osteológico que tem o objetivo específico de apoiar o acervo de Paleovertebrados nos estudos comparativos entre as faunas atual e passada. A Coleção de Minerais e Rochas apresenta espécies mineralógicas e litológicas representativas da geologia amazônica, dando ênfase ao registro das riquezas minerais do estado do Pará.

Paleobotânica	68
Minerais/Rochas	1028
Paleovertebrados	1447
Paleoinvertebrados	1657
Osteológico