Em cada departamento científico foram, ao longo dos anos, organizadas coleções para pesquisa e exposição pública, orientação que permanece desde o século XIX, acrescida de mais uma responsabilidade: formar e capacitar recursos humanos. Uma missão que se realiza na orientação a universitários nas áreas das ciências humanas, da vida e da terra, nos cursos de especialização, mestrado e doutorado mantidos em convênio com outras instituições e nos inúmeros mini-cursos, oficinas e seminários promovidos pelo Museu.