O Museu Goeldi executa atividades científicas em várias áreas do conhecimento. Em sua atual estrutura organizacional dispõe de quatro grandes departamentos de pesquisa: Ciências Humanas, com as áreas de antroplogia, arqueologia e lingüística, Botânica, Zoologia e Ciências da Terra.

Desde a sua criação, graças ao idealismo de homens que acreditavam no futuro da Amazônia e vislumbravam a necessidade de inventariar os seus recursos naturais, estudando a flora, a fauna, o homem e seu ambiente físico, o Museu Goeldi tem sido atuante na história do Pará e da região. Através de seus departamentos dá sua contribuição, conduzindo de forma racional e planejada a ação transformadora do homem, procurando atender às necessidades ecológias sempre que é solicitado e que lhe permitem atuação.