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O Museu Goeldi possui três bases físicas: o Parque Zoobotânico, o Campus de Pesquisa e a Estação Científica Ferreira Penna (ECFPn), base avançada na Floresta Nacional de Caxiuanã, ao sul do Marajó, a 450 quilômetros de Belém.

Criado em 1895, o Parque Zoobotânico tem 5,4 hectares de área e reúne um expressivo conjunto de monumentos e prédios do século XIX e início do século XX, além de centenas de espécies animais e vegetais. O Parque também abriga o Aquário Jacques Huber, o mais antigo do Brasil (1911); o Pavilhão Domingos Soares Ferreira Penna (1879), conhecido como Rocinha, onde são mantidas exposições temporárias e de longa duração; o Centro de Exposições Eduardo Galvão e a Biblioteca de Ciências Clara Maria Galvão (1899).
As coleções científicas do Museu Goeldi, localizadas no Campus de Pesquisa, somam mais de 4,5 milhões de itens tombados, constituindo-se em uma das mais relevantes fontes de informação para estudos da biodiversidade e das sociedades humanas da Amazônia. Existem 20 coleções nas áreas de botânica, zoologia, arqueologia, etnografia, linguística, paleontologia, minerais e rochas, além de grande acervo bibliográfico e arquivístico. Parte das coleções de arqueologia e etnografia é tombada como Patrimônio Histórico e Artístico Nacional.
 
A infraestrutura de pesquisa inclui laboratórios associados às coleções científicas e quatro laboratórios institucionais: Unidade de Análises Espaciais, Microscopia Eletrônica de Varredura, Óleos Essenciais, e Biologia Molecular. O Campus de Pesquisa também abriga o Horto Botânico Jacques Huber, destinado à produção de mudas de espécies nativas para arborização urbana e reflorestamento.
 
A Estação Científica Ferreira Penna (ECFPn) foi inaugurada em 1993. É fruto da cooperação e parceria entre o Museu Goeldi e o Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio), uma vez que a estação está localizada na Floresta Nacional de Caxiuanã, nos municípios de Melgaço e Portel. Seu objetivo é possibilitar a realização de pesquisas de longo prazo, em ambientes florestais bem conservados, sobretudo investigações biológicas, ecológicas, físico-climáticas e antropológicas. A infraestrutura da ECFPn inclui hospedagem para até 90 pessoas, refeitório, auditório, laboratórios, barcos, torre de coleta de dados meteorológicos (do programa LBA), acesso à internet e telefonia via satélite. Projetos educativos e treinamentos para estudantes e professores também são desenvolvidos em comunidades da Floresta Nacional de Caxiuanã.
 

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