2000 – Ministério da Ciência e Tecnologia

Quase vinte anos depois de conquistada sua autonomia institucional, o Museu Goeldi passou por nova re-estruturação. Em 2000, saiu do âmbito do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq), onde encontrava-se desde 1954, e foi subordinado diretamente ao Ministério da Ciência e Tecnologia. Maior agilidade administrativa, maior poder de interlocução na esfera federal e maior articulação no âmbito das políticas públicas para a Amazônia são algumas das vantagens que essa mudança trouxe.