O Museu Paraense Emílio Goeldi foi criado em Belém, a 6 de outubro de 1866, por Domingos Soares Ferreira Penna e consolidado por Emílio Goeldi no período de 1894 a 1907. O Museu nasceu de idealistas que acreditavam no futuro da Amazônia e da necessidade de se pesquisar os seus recursos naturais, a flora, a fauna, as rochas e minerais, os grupos indígenas, a geografia e a história da região e de se organizar coleções científicas e exposições públicas para divulgar os conhecimentos gerados.

O Museu tem sido atuante na história da região. Atravessou várias fases e reveses políticos e econômicos, sem alterar seu papel social. Atravessou períodos difíceis como os de 1888 a 1890, quando foi quase extinto; de 1921 a 1930 com suas atividades estagnadas e sem pesquisadores; de 1946 a 1954, sem recursos para a sua manutenção e sem pesquisas. A partir de abril de 1955, o Museu Goeldi passou a ser vinculado ao Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia e tutelado pelo atual Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). Em 1983, conseguiu sua autonomia, passando a atuar como Unidade de Pesquisa independente, vinculada diretamente ao CNPq.

O Museu Goeldi foi instalado numa área de 5,2 hectares no centro urbano de Belém desde 1895. Com o incremento das atividades, foram ampliadas suas bases físicas. Atualmente, conta com um Campus de Pesquisa, com mais de 10 hectares, onde estão instalados os Departamentos de Botânica, Ciências Humanas, Zoologia, Informação e Documentação e com previsão para o ano de 2000, o Departamento de Ecologia,que abrigará os laboratórios de Sensoriamento Remoto (UAS), Microscopia Eletrônica e Datação de Carbono-14.

Sua mais recente base física foi inaugurada em 1993 - a Estação Científica Ferreira Penna, em 33.100 hectares da Floresta Nacional de Caxiuanã, município de Melgaço-PA. A área foi cedida pelo Ibama e a base foi implementada com recursos da Overseas Development Administration (ODA)-Reino Unido. A Estação Científica destina-se a programas de pesquisa nas diversas áreas do conhecimento recebendo cientistas do Museu e de outras instituições nacionais e internacionais.

O Museu Paraense Emílio Goeldi tem como missão produzir e difundir conhecimentos e acervos científicos sobre sistemas naturais e sócio-econômicos relacionados à Amazônia. Nesta linha, investe em formação científica e técnica, fomenta pesquisas, promove o incremento das coleções científicas, subsidiando a difusão do conhecimento científico, a extensão científico-cultural, contribuindo efetivamente para a formulação de políticas públicas e ao desenvolvimento da região.